讲武堂负责研究军事理论，培训正营级以上军官，相当于黑旗军的军校，侧重于战略教学。杨烜亲自负责讲武堂的工作。
教导队专门负责轮训副营级以下军官，侧重于战术教学。
师、团一级司令部，参照总司令部设置，但机构、人员更为精简。
三、实行官兵平等。
官兵平等包括政治上、经济上的平等，军官爱护士兵、士兵尊重军官，团结互助，同甘共苦，增强军队凝聚力。
鉴于黑旗军队伍壮大，饷银耗费大，杨烜决定进一步压缩津贴。普通士兵津贴不变，仍为每月一两银子。班长以上骨干，津贴在原有基础上减少。杨烜为总司令，饷银最高，为二两银子。
这样一来，从士兵到最高统帅，津贴变化不大，官兵在经济上趋于平等。士兵津贴一两银子，与最普通的绿营兵相当。
但黑旗军的伙食、衣服等费用都由公费开支，官兵家眷也都由后勤部统一供养。官兵的津贴成了纯收入，实际收入比绿营士兵略高一些。
除了津贴，黑旗军军官在衣、食、住、行上都与士兵保持一致。士兵吃什么，军官就吃什么。行军宿营，军官与士兵一样挤在大通铺里。所有人不得乘轿，不得吸食鸦片。
黑旗军官兵在政治上也是平等的。军官不得打骂体罚士兵，上级军官对下级军官亦不能打骂体罚。官兵犯有错误，主要通过两种途径制裁：
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