军政部排序在参谋部之后，下设人事处、敌工处、纪检处、保卫处等部门。敌工处顾名思义，主管对敌工作，包括处置俘虏、策反敌人、情报获取等。
军政部敌工处与参谋部侦察处工作职能上存在重叠，这也是杨烜有意为之。搞情报工作，权力容易失控，进而反噬母体，故而需要分权。
另外，情报工作极其重要，惹有疏忽，关乎战局成败。同时设置侦察处、敌工处，可以形成某种程度的竞争、查漏补缺，完善情报工作。
大体上，参谋部侦察处主要侧重于军事侦察，尤其重视交战前线的侦察。军政部敌工处主要负责策反敌人、处置战俘、防范间谍、肃清内奸等工作。
就职权上讲，敌工处的权力明显大于侦察处。
后勤处除了负责保障军饷、粮草、弹药，还要负责打造军械、铸造火炮、制作火药、修理战船等工作。相比参谋处、军政处，后勤处的人员更为庞杂，工作更为具体。
除了参谋、军政、后勤三大机关，总司令部还下设很多直属单位，比较重要的有办公厅、近卫营、军法处、宪兵队、讲武堂、教导队等。
办公厅是总司令部的协调机关，对总司令负责。但凡召集开会、确定总司令行程等工作，多由办公厅承办。
近卫营编制五百人，负责保卫总司令部，位置极为紧要，首任营长为杨烜亲信徐作新。
军法处负责制订军事条例、审判重大军事案件等工作。
宪兵队负责维持军纪，执行军法处的裁决。
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