在浩罕汗国繁荣的背后，其国内的统治阶层逐步发生对立，哈萨克和吉尔吉斯等游牧部落的叛乱也时常发生，政权实际上很不稳定。
1842年，布哈拉汗国的继承者布拉哈阿米尔国的纳斯鲁拉入侵浩罕，攻下浩罕城，并杀害了穆罕默德·阿里汗全族人。
从此，浩罕汗国被纳入了布哈拉的领地。随后布哈拉在被占领的首都浩罕城，扶植了新一任傀儡统治者。
不久，出自浩罕大汗一族分支的西尔·阿里汗夺回了政权。
但由于王室血脉的而引发的汗位继承斗争，使得国内政治环境逐步恶化，政局陷入混乱。
同时，北方的俄罗斯帝国入侵了哈萨克草原，直接威胁到了浩罕汗国在这一地区的统治。
此时坐镇在浩罕城中的就是这位西尔·阿里汗，这个阿里汗不是一个草包。
相反他非常的有能力。这次介入山南的事情，有两个方面的原因。
一个是为了转移国内的矛盾。虽然近十年的清理，这位阿里汗已经基本上清楚了国内的反对者。
但是浩罕汗国的国内各个民族之间的矛盾依然存在。
另一个原因就是拓展浩罕汗国的生存空间。北方沙俄从哈萨克方向的威胁越来越大。
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