瓦尔庚尼尔先是命令荷兰东印度公司的人倾巢出动，挨家挨户搜查城内华侨的住宅，检查是否有私藏的武器。
由于东印度公司早有禁止夜间出行的命令，城内的华侨们都遵从命令，安分的呆在家中，哪里知道这是荷兰人的奸计？更没有想到死神即将到来！
搜查结束后，华侨们仅有的一小部分武装也尽数被解除了，全部成为了待宰的羔羊。
在瓦尔庚尼尔的指使下，荷兰水手、士兵甚至市民拿起武器冲上街头，屠杀他们所遇到的每一个华侨。
一部分其他族裔的人受到东印度公司当局的煽动和挑唆，也参与了血腥的屠杀。暴徒们烧杀劫掠，还因为抢夺华侨的财物而发生激烈的争吵和打斗。
屠杀一直持续了七天，巴达维亚城内的华侨有近万人被杀害，仅有一百五十余人侥幸逃出。
华侨们的房屋被大量焚毁，幸存下来的连同所有的财产全部落入了杀人暴徒的手中。
华人居住的城区有一条红溪河，遇害者的尸体枕藉在河中，堵塞了河流，鲜血将河水染成了红色。这次大屠杀，史称红溪惨案。
东印度公司当局严密封锁消息的如意算盘落空了，惨案发生几天后，侥幸逃生的华人就将消息传了出来。
随后，就有人将消息带回了国内，又辗转到了两广总督尹继善处。
尹继善得了这个消息，见事关重大，不敢怠慢，连忙写了奏折，用六百里加急送到了京师。
潘启正在衙署理事，见前来传旨的太监气色不大对，却只说皇上有旨命他即刻进宫，多一句话也没有。
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